Asiste a la Dirección Ejecutiva, Registro Genealógico y Junta Directiva en el área administrativa y contable; principalmente en el seguimiento y control de las cuotas de los miembros de la Federación y de los pagos de esta ultima a las distintas organizaciones a las que está adscrita, también velar por las distintas cuentas por cobrar y pagar, los carné que extiende la Federación, velar por los estados de cuenta, encargada de las cotizaciones y compras, además de ayudar en otras actividades que se le asignen.

La Secretaria apoya las funciones administrativas del director ejecutivo y el asistente ejecutivo, dá soporte al registro genalógico de especies animales, y se encarga de las funciones operativas propias de su cargo.

Lleva control de las noticias publicadas en los diarios nacionales relacionados con la federación o el sector agropecuario, así como el control de los archivos de los distintos rubros agropecuarios, sus estadísticas, acuerdos, y demás relacionados, además de ayudar en otras actividades que se le asignen.

El Asistente Ejecutivo provee apoyo intreno y externo para el funcionamiento administrativo de la Federación. Además asiste al presidente de la junta directiva y al director ejecutivo de la institución, en la ejecución de sus decisiones. Procura el funcionamiento y coordinación de las comisiones y actúa como brazo representante de la Federación ante otros organismos nacionales.

Entre otras funciones, coordina el buen funcionamiento físico y logístico de la Federación.

El Registro Genealógico está formado por un comité, un jefe de reegistro, los criadores propietarios y una secretaria. Es el programa técnico de la FENAGH en la categoría de patrimonio nacional, ya que en él se llevan registros de todos los ejemplares equinos y bovinos que han servido como base para el desarrollo de la ganadería en Honduras.

Sus funciones son: inscribir la genealogía del ganado bovino y equino de las diferentes razas; certificar y extender registros genealógicos de los ejemplares inscritos.

El Director Ejecutivo es el Funcionario ejecutivo de la Federación, su nombramiento será por tiempo indefinido y recae en un ciudadano hondureño de reconocida experiencia y capacidad profesional.

Entre sus atribuciones están: ejecutar las disposiciones de la Junta Directiva; implementar programas acorder a los lineamientos institucionales, normas y procedimientos aprobados por la Junta Directiva; apoyar técnica y administrativamente a las comisiones nombradas por la Asamblea General, la Junta Directiva y el Consejo Consultivo; administrar el patrimonio, los recursos, los programas y proyectos de la Federación; y velar por el fortalecimiento institucional tanto técnico como financiero.

El Consejo Consultivo está constituido por los presidentes de cada organización miembro de la Federación, y es el órgano de consulta de la Junta Directiva. El Consejo Consultivo se reune ordinariamente una vez al año y extraordinariamente cuando así lo amerite.

Entre sus funciones están: asesorar a la Junta Directiva en la conducción de la Federación; colaborar con la Junta Directiva en el seguimiento de las actividades de ésta; identificar programas y proyectos de interés para los miembros de la Federación; recomendar la integración de comisiones especiales; y sugerir soluciones a los problemas del agro nacional.

La Junta Directiva de la Federación Nacional está integrada por: Presidente, Vice-Presidente, Secretario, Pro-Secretario, Tesorero, Pro-Tesorero, Fiscal, Vocal 1º, Vocal 2º, Vocal 1º Suplente y Vocal 2º Suplente. Éstos son elegidos por la Asamblea General para un periodo de dos años, pudiendo ser reelectos únicamente por un periodo más.

Entre sus funciones están: velar por la buena marcha y cumplimiento de los objetivos de la Federación; velar por el cumplimiento de los estatutos, reglamentos y resoluciones aprobadas por la Asamblea General; nombrar y remover al Director Ejecutivo y al personal técnico y administrativo, y fijar sus funciones; disponer de los bienes y recursos de la Federación para el cumplimiento de sus objetivos; someter ante la Asamblea General los planes operativos y presupuestarios anuales de la Federación; proponer a la Asamblea General las reformas estatutarias que estime conveniente y las iniciativas relacionadas con el fomento y defensa del gremio agropecuario; y aprobar los contratos que celebre el Director Ejecutivo.

La Asamblea General es la autoridad máxima de la Federación y está integrada por los delegados de las organizaciones miembros. Se reune ordinariamente una vez al año, en el lugar y fecha que decida la misma Asamblea; puede reunirse extraordinariamente cuando haya temas específicos que tratar.

Sus funciones son: elegir a los miembros de la Junta Directiva; aprobar la Memoria Anual, el Balance General, los planes de trabajo y el presupuestos anual de la Federación; emitir y aprobar su propio Reglamento Interno; establecer las cuotas ordinarias y extraordinarias; vender o hipotecar bienes de la Federación cuando sea necesario; señalar las pautas generales de la política gremial; y resolver lo no previsto en los Estatutos.